یکی از مهمترین و کاربردی‌ترین بخشهای مجتمع پژوهشهای کاربردی سازمان زمین‌شناسی، آزمایشگاهها می‌باشد که شامل سه قسمت اصلی معرفی آزمایشگاههای مرکز پژوهشی کرج،‌ گردش کار نمونه و بانکهای اطلاعاتی آزمایشگاهها می‌باشد.
بخش معرفی آزمایشگاههای موجود در مجتمع پژوهشی کاربردی سازمان زمین‌شناسی، دربردارنده معرفی کامل آزمایشگاه، وضعیت آنالیز و آماده‌سازی نمونه‌ها، تجهیزات آزمایشگاهی، معرفی روشهای آنالیزی موجود در هر آزمایشگاه و‌ مشخصات پرسنل می باشد. همچنین این سایت قابلیت معرفی کامل خدمات آزمایشگاهی مانند قیمتهای آنالیز و حد تشخیص نمونه ها و عناصر مورد آنالیز در هر آزمایشگاه را دارا می‌باشد.
هدف از راه‌اندازی این بخش ایجاد بستر مناسب برای کاربران است که کاربر با اشراف کامل به این اطلاعات، بتواند این مرکز را برای ارائه خدمات آزمایشگاهی و آنالیز نمونه‌ها انتخاب نماید.
بخش معرفی امکانات و قابلیتهای آنالیزی این مجتمع آزمایشگاهی به منظور بالابردن بهره‌وری آزمایشگاههای این مرکز می باشد. این اطلاعات شامل آزمایشگاههای چهار بخش ژئوشیمی، ‌دریایی، پزشکی و جوهر شناسی می‌باشد که برای هر آزمایشگاه شامل معرفی کاملی از تجهیزات، ‌تکنیک‌ها و دست‌اندرکاران و مشخصات خود آزمایشگاه است. این بخش اطلاعات بسیار مفیدی را در اختیار کاربر قرار می دهد.
این مرکز دارای بزرگترین آزمایشگاه آنالیز مواد معدنی با ظرفیت بسیار بالا در خاورمیانه می باشد که با بهره برداری از آن ایران پس از کانادا، ‌استرالیا و ژاپن چهارمین کشور دنیاست که دارای چنین آزمایشگاههای مجهزی می‌باشد. این آزمایشگاه با ظرفیت آنالیز 150 هزار نمونه و 3 میلیون آنالیز عنصری به همت سازمان زمین‌شناسی و اکتشافات معدنی کشور راه‌اندازی شده است که همچنین علاوه بر مرکز کاربردی و آنالیزی آزمایشگاهی این مرکز دارای بانکهای اطلاعاتی جامع و کاملی در زمینه های آزمایشگاهی علوم زمین می باشد.

آزمایشگاههای این مرکز در چهار حوزه مختلف علوم زمین مشغول فعالیت هستند
این چهار بخش شامل:
- آزمایشگاههای ژئوشیمی
- آزمایشگاههای زمین شناسی دریایی
- آزمایشگاههای زمین شناسی پزشکی
- آزمایشگاههای کانی شناسی